Področja znanstvenega delovanja:

Mojca Kovačič je etnomuzikologinja, prek raziskav ljudskega petja, ljudske inštrumentalne glasbe ter sodobnih glasbenih in zvočnih pojavov preučuje osnovne zakonitosti teh pojavov in  izpostavlja njihovo družbena in politična razmerja kot so: glasba in spol, nacionalizem in glasba, kulturna politika, procesi ponarodevanja in koncepti popularne glasbe, glasba in identiteta. V zadnjih letih se je največ posvečala vprašanjem zvočnosti mest, ulični glasbi in religijskim zvokom v sodobnem urbanem prostoru, mestnim politikam in izkustvenim vidikom percepcije zvočnosti. Od leta 2014 predava tudi predmet Uvod v glasbeno folkloristiko, modul Slovenska ljudska glasbena dediščina na Akademiji za glasbo, Univerza v Ljubljani.

Članstvo v domačih in mednarodnih združenjih:

• od leta 2005: članica Mednarodnega združenja za tradicijsko glasbo (the International Council for Traditional Music  - ICTM);
• od leta 2005: članica študijske skupine za glasbene inštrumente pri ICTM;
• od leta 2006: strokovna sodelavka Javnega sklada Republike Slovenije za kulturne dejavnosti na področju folklorne dejavnosti;
• od leta 2007: članica študijske skupine Glasba in manjšine pri ICTM;
• od leta 2011: nacionalna predstavnica Slovenije pri ICTM;
• od leta 2011: članica upravnega odbora Kulturnega in etnomuzikološkega društva Folk Slovenija;
• od leta 2013: članica Slovenskega etnološkega društva;
• od leta 2016: članica ICTM študijske skupine za glasbo slovanskega sveta.

Raziskovalno ter pedagoško delo v tujini:

• v okviru raziskave igre na zvonove v evropskem prostoru je opravljala terensko delo v Nemčiji, v Italiji, na Hrvaškem (2006, 2007),
• v okviru medakademijske izmenjave z The Royal Scottish Academyje je  opravljala raziskovalno delo in imela predavanja na Univerzi v Edinburghu, Škotska (2009),
• v okviru bilateralnega projekta Slovenija ZDA je opravila raziskovalno delo v Clevelandu, ZDA (2013).