Raziskovalno delo Mojce Kovačič je umeščeno na presečišče etnomuzikologije, antropologije glasbe in kritičnih študij dediščine. Njeno osrednje raziskovalno polje predstavljajo procesi heritagizacije glasbenih praks, pri čemer analizira, kako se določene glasbene oblike konstituirajo kot »ljudske«, »tradicionalne« ali »dediščinske« skozi institucionalne, diskurzivne in performativne procese. Posebej jo zanimajo epistemološki in estetski okviri, znotraj katerih se glasba kategorizira, vrednoti in legitimira, ter napetosti med normativnimi koncepti avtentičnosti in dejanskimi performativnimi praksami.

V svojih raziskavah razvija analitični pristop, ki povezuje študije avtentičnosti, teorije dediščine in afektivne ter performativne pristope k glasbi. Glasbo obravnava kot družbeno prakso, ki deluje hkrati na ravni reprezentacije, afekta in telesnega utelešenja, ter kot polje pogajanj med individualnimi izkušnjami in kolektivnimi naracijami.

Empirično se njeno delo trenutno osredotoča tako na historične kot na sodobne interpretacije ljudske glasbe, zlasti v kontekstu glasbenopreporodnih gibanj, institucionaliziranih predstavitev ter medijskih in političnih diskurzov. Pretekli del njenega raziskovalnega opusa obsega analize glasbe v razmerju do politike, spomina in identitete, zlasti študije partizanske pesmi kot afektivne prakse kolektivnega spomina ter reprezentacij manjšinskih glasb v kontekstu migracij in kulturnih politik, kjer opozarja na procese esencializacije in etnizacije glasbenih izrazov. V raziskavah zvočnih krajin  (od akustemologije zvonjenja do sodobnih študij učilnih in religijskih zvokov) pa obravnava, kako se družbeni prostor producira skozi zvočne prakse, vključno z etniciziranimi in rasializiranimi predstavami ter vzpostavljenimi religijskimi močmi.

Metodološko njeno delo temelji na kombinaciji etnografskega terenskega raziskovanja, arhivske analize (zlasti rokopisnih in zvočnih virov), analize diskurza ter avdiovizualne dokumentacije. Pri tem razvija refleksiven pristop, ki vključuje tudi avtoetnografske elemente in kritično obravnava vlogo raziskovalca v procesih produkcije znanja. 

S svojimi študijami prispeva k razumevanju sodobnih transformacij ljudske glasbe v kontekstu globalnih in postsocialističnih družbenih sprememb ter odpira vprašanja o razmerju med dediščino, kreativnostjo, politiko in izkustvom glasbe v sodobnih družbah.

• KOVAČIČ, Mojca. Negotiating authenticity through folk singing interpretations. Muzikološki zbornik, 61/1 (2025), 33–60. https://doi.org/10.4312/mz.61.1.33-60
• KOVAČIČ, Mojca; ŠIVIC, Urša. Migracije nacionalizacije glasbe: od ljudske k narodnozabavni. Dve domovini, 58 (2023), 103–123. https://doi.org/10.3986/dd.2023.2.06
• KOVAČIČ, Mojca. Creating atmospheric coherence through commemorative rituals, singing partisan songs, and rehearsed affect. Narodna umjetnost, 58/2 (2021), 69–87. https://doi.org/10.15176/vol58no204
• KOVAČIČ, Mojca. Identifications through musical expressions of Africanness in Slovenia. Muzikološki zbornik, 55/2 (2019), 65–78. https://doi.org/10.4312/mz.55.2.65-78
• BORSAN, Vanessa Nina idr. Introducing the digitised dataset of Slovenian folk ballads. Ethnomusicology Forum, 34/3 (2025), 411–442. https://doi.org/10.1080/17411912.2025.2588780
• HOFMAN, Ana; KOVAČIČ, Mojca. Slovenian Trubači: the economies of affect within and beyond ethno-racialized difference. V: Affect’s social lives (2023), 109–138. https://doi.org/10.3986/9789610507291_04
• KOVAČIČ, Mojca. Kako naj zveni mesto? Religijski in ulični zvoki Ljubljane med zakonodajo in človeškim izkustvom. Etnolog, 28 (2018), 123–140. https://www.etno-muzej.si/sl/etnolog/etnolog-28-2018/kako-naj-zveni-mesto-religijski-in-ulicni-zvoki-ljubljane-med-zakonodajo-in-cloveskim-izkustvom
• KOVAČIČ, Mojca. Glasbena podoba ljudske pesmi v rokopisnih, tiskanih in zvočnih virih v prvih desetletjih 20. stoletja. Ljubljana: Znanstvena založba FF (2015). http://slovenskaglasbenadela.ff.uni-lj.si/?page_id=27

Vse publikacije (COBISS): https://bib.cobiss.net/bibliographies/si/webBiblio/bib201_20260423_111132_26012.html

• V novi preobleki: spremembe v ljudskoglasbeni in plesni kulturi na Madžarskem, v Sloveniji in drugod (temeljni projekt • 01. januar 2022 - 30. september 2025)
• Digitalizacija zapuščine Franceta Marolta in razumevanje njegovega znanstvenega in umetniškega dela (aplikativni raziskovalni projekt • 01. oktober 2022 - 30. september 2025)
• Folklorna dejavnost v postsocialističnih državah: politike, spomin, dediščinjenje in trajnost (temeljni raziskovalni projekt • 01. marec 2022 - 28. februar 2026)
• Folkloristične in etnološke raziskave slovenske ljudske duhovne kulture (raziskovalni program • 01. september 2009 - 31. december 2013)
• Glasba mladih po 1945 in Glasbena mladina Slovenije (temeljni raziskovalni projekt • 01. oktober 2021 - 30. september 2024)
• Glasba in politika v post-jugoslovanskem prostoru: k novi paradigmi političnosti glasbe na prelomu stoletij (01. julij 2018 - 30. junij 2021)

• Predavateljica na Akademiji za glasbo Univerze v Ljubljani (modul Slovenska glasbena dediščina, od 2014).
• Predavateljica na Podiplomski šoli ZRC SAZU (doktorski modul Dediščina in dediščinski procesi v kritični perspektivi).
• Mentorica in somentorica doktorskim študentom.

• Predstojnica Glasbenonarodopisnega inštituta ZRC SAZU (od 2019).
• Nacionalna predstavnica pri International Council for Traditions of Music and Dance (ICTMD).
• Članica več ICTMD študijskih skupin (npr. Music and Minorities, Music and Dance in Southeastern Europe, Multipart Music, Music of the Slavic Speaking World).
• Članica European Seminar in Ethnomusicology in mreže Music@AlpeAdria.
• Podpredsednica in članica upravnega odbora Kulturno-etnomuzikološkega društva Folk Slovenija.
• Članica Slovenskega etnološkega društva in Slovenskega muzikološkega društva.
• Članica uredništev znanstvenih revij (Traditiones, Musicologist, Scientific Herald, Problems of Music Ethnology) in urednica posebnih številk (Traditiones, Muzikološki zbornik).
• Članica uredniškega odbora monografske zbirke Folkloristični zvezki ter digitalnih zbirk Etnomuza, Etnofon in DigGNI.