V času študija muzikologije na Filozofski fakulteti Univerze v Ljubljani se je ukvarjal z več raziskovalnimi temami, ki jih povezuje zanimanje za preplet tehnologije, medijev in glasbe. Mednje sodijo preučevanje filmske glasbe na primeru filma Bitka na Neretvi, analiza tehnik preoblikovanja glasbenega gradiva, kot so vzorčenje, citiranje, prirejanje in rekontekstualizacija, na primeru skupine Laibach ter raziskovanje vpliva avdioprodukcije in tonske tehnike na zaznavo koncertnih posnetkov. To raziskovalno delo je med drugim predstavljal na mednarodnih študentskih muzikoloških simpozijih.

V magistrskem delu se je usmeril v področje, ki ga je zanimalo že dalj časa, dotlej pa ga še ni sistematično raziskoval: glasbeno udejstvovanje tabornikov v Sloveniji. Pripravil je prvo sistematično raziskavo glasbenih praks v slovenski taborniški organizaciji. V njej je združil terensko delo, intervjuje, analizo arhivskih virov in glasbeno analizo repertoarja. Raziskava obravnava glasbo kot pomemben element neformalne vzgoje, skupnostnega življenja in oblikovanja kulturne identitete ter zapolnjuje vrzel v muzikološkem preučevanju mladinskih skupnosti. Preliminarne ugotovitve magistrskega dela je predstavil na muzikološkem simpoziju Glasba mladih po 1945 in Jeunesse musicale, celotno raziskavo pa je zaključil z zagovorom magistrske naloge.

V aktualnem raziskovalnem delu raziskuje zgodovinsko vlogo snemalnih in oddajnih tehnologij pri oblikovanju slovenskega ustnega glasbenega izročila. Zanimajo ga zlasti prehodi med živo izvedbo, terenskim zapisom, komercialnim posnetkom in radijskim predvajanjem. Posnetka ne obravnava le kot dokumenta pretekle prakse, temveč tudi kot dejavnik, ki lahko vpliva na nadaljnje učenje, izvajanje in standardizacijo pesmi. Pri tem odpira vprašanja o tem, kako tehnološke omejitve, estetske izbire, uredniški postopki in tržni interesi vplivajo na podobo ljudske glasbe ter na prenos izročila med skupnostmi in generacijami.

V svojem delu stremi k interdisciplinarnosti, saj povezuje muzikologijo, etnografijo, folkloristiko, medijske študije, popularno glasbo in glasbeno tehnologijo.

• Nik Keber je dejaven tudi na področju prenosa strokovnih vsebin v širše kulturno in izobraževalno okolje. V taborniški organizaciji pripravlja aktivnosti, ki vključujejo glasbeno vzgojo ter druge z glasbo povezane dejavnosti.
• Bil je predstavnik študentov muzikologije v Študentskem svetu in Študentski organizaciji Filozofske fakultete Univerze v Ljubljani. Je član Slovenskega muzikološkega društva, kjer sodeluje pri strokovnih dejavnostih, bralnih krožkih in simpozijih.